En 2374, les Cardassiens et le Dominion ont repris le contrôle de Deep Space Nine et la Fondatrice et Gul Dukat y établissent leur quartier général. Pour eux, la priorité est de détruire le champ de mines pour amener du renfort depuis le Quadrant Gamma. Parallèlement, la Fondatrice retrouve Odo, qui est resté sur la station avec les Bajorans, et l'engage à fusionner avec elle. Plusieurs fois, Odo accepte et cette fusion agit sur lui comme une drogue (cf. épisode "Behind the Lines"). Mais ce qu'ils ignorent tous les deux, c'est qu'en agissant ainsi, ils courent à leur propre perte. En effet, depuis 2371, une branche ultra-secrète des services secrets de Starfleet travaille à la mise au point d'une arme biologique qui tuerait les Fondateurs. En utilisant les données collectées par le docteur Bashir et en effectuant des tests sur l'un des Fondateurs qui s'était introduit sur Terre (cf. épisode "Homefront"), la section 31 parvient à mettre au point une arme efficace : elle tue le porteur à petit feu et est d'autant plus virulente que le porteur change souvent de forme (cf. épisode "Penumbra"). Il s'avère aussi que plus le virus est transmis, plus il est rapide et mortel. Dans le courant de l'année 2373, un agent de la section 31 introduit le virus dans les instruments du docteur Bashir qui contamine Odo sans le savoir quelques jours plus tard. Au début de l'année 2374, lorsque Odo fusionne avec la Fondatrice, celle-ci se fait contaminer et contamine à son tour d'autre Fondateurs, qui finissent par contaminer le Grand Lien lui-même. Pendant deux ans le virus se propage silencieusement.
Le premier trimestre de l'année 2374 est une suite de batailles entre les Cardassiens, le Dominion, les Klingons et la Fédération. Les deux blocs ont à peu près la même force mais la Fondatrice en charge de mener la guerre veut prendre l'avantage au plus tôt : elle donne la priorité à la désactivation du champ de mines et quelques mois plus tard, celui-ci est prêt à être détruit au moment où les Klingons et la Fédération donnent l'assaut pour reprendre la sation Deep Space Nine. Le Vortex s'ouvre pour laisser entrer une immense flotte d'invasion, mais l'intervention des entités qui habitent le Vortex détruit les milliers de vaisseaux qui traversaient (cf. épisode "The Sacrifice of Angels"). Dépitée, la Fondatrice ordonne le retrait du Dominion dans l'espace Cardassien. La condamnation du Vortex pour faire passer une flotte d'invasion change tout pour la Fondatrice : le Dominion doit mainteant s'implanter durablement dans le Quadrant Alpha sans attendre d'aide extérieure. Les usines de clonage de Vortas et de Jem'Hadar se multiplient, ainsi que les chantiers spatiaux. Pendant une grande partie de l'année 2374, le Dominion semble reprendre l'avantage lorsqu'un nouvel événement bouleverse cet état de fait : sur la base d'un faux document, les Romuliens déclarent la guerre au Dominion. La Fondatrice est surprise car si le Dominion comptait attaquer les Romuliens après avoir vaincu la Fédération et les Klingons, il n'était pas prévu qu'ils s'associent si tôt aux deux autres puissances (cf. épisode "In the Pale Moonlight"). Cette fois, le Dominion perd l'avantage et doit reculer, perdant le système de Chin'toka à la fin de l'année 2374 (cf. épisode "Tears of the Prophets").
Pour le Dominion, la situation est grave : ils sont en train de perdre l'avantage dans le Quadrant Alpha et les nouvelles de la planète mère des Fondateurs sont inquiétantes. Un étrange virus contamine tout le Grand Lien et malgré les recherches entreprises, aucune solution n'est trouvée. Or, au train où le virus évolue, le Grand Lien risque de mourir en un an au maximum. La Fondatrice elle-même est touchée et, bien que moins atteinte que les autres Fondateurs, elle dépérit également (cf. épisode "Penumbra"). Sur le front de la guerre, les Cardassiens ont perdu beaucoup de forces pendant la guerre et les installations du Dominion sont victimes de nombreux raids : usine de fabrication de Ketricel (cf. épisode "A Time to Stand"), chantiers spatiaux (cf. épisode "Shadows and Symbols") ou autres installations vitales. La Fondatrice décide alors de rechercher un nouvel allié pour reprendre l'avantage. Elle entre en contact avec des Fondateurs qui se sont infiltrés chez d'autres peuples et notamment chez les Breens. En quelques mois, un accord est conclu et il est définitivement signé au premier trimestre de l'année 2375 entre la Fondatrice et Thot Gor, le chef des Breens, à bord du vaisseau amiral des Breens (cf. épisode "Strange Bedfellows"). Cette nouvelle alliance fait à nouveau pencher la balance en faveur du Dominion et semble signer la défaite des autres puissances du Quadrant Alpha (cf. épisode "The Changing Face of Evil"). Mais les Fondateurs ont sous-estimé la fierté des Cardassiens. Se sentant relégués au second plan, ces derniers, menés par Damar, remettent en cause leur engagement dans l'alliance avec le Dominion. Un groupe de rebelles se forme et décide de lutter contre le Dominion (cf. épisode "When it Rains"). Mécontente de cette opposition, la Fondatrice sent que la situation lui échappe : le Grand Lien, qui a été contaminé, dépérit et elle-même n'a plus longtemps à vivre. De plus, l'arme secrète des Breens qui avait donné l'avantage au Dominion au milieu de l'année 2375 a été étudiée par les ingénieurs de Starfleet qui ont fini par trouver une parade. Lorsqu'à la fin de l'année, la Fédération, les Klingons et les Romuliens lancent l'assaut final contre le Dominion, la Fondatrice devient intransigente avec ses alliés et elle est prête à emporter tout ses alliés avec elle dans la mort et la destruction (cf. épisode "The Dogs of War"). Lorsque des Cardassiens lancent des opérations terroristes contre des installations du Dominion, elle n'hésite pas à donner l'ordre de raser la ville de Lakarian, tuant deux millions de personnes (cf. épisode "What You Leave Behind"). A la fin des combats, les loyalistes Cardassiens, les Breens et le Dominion sont tous regroupés dans le système de Cardassia et la Fondatrice veut mener le combat jusqu'au bout, quitte à ce qu'il ne reste aucun survivant. Ce carnage est évité grâce à l'intervention d'Odo (cf. épisode "What You Leave Behind"). En effet, en capturant un agent de la Section 31, le docteur Bashir a réussi à trouver le remède au virus qui décime les Fondateurs. Il est parvenu à soigner Odo, qui est sûr de pouvoir soigner les autre Fondateurs et le Grand Lien en fusionnant avec eux (cf. épisode "Extreme Measures"). Alors que le combat final va commencer, il se rend auprès de la Fondatrice et fusionne avec elle, la soignant et lui transmettant tout ses sentiments sur son attachement aux humanoïdes et son amour envers Kira. Après cette fusion la Fondatrice ordonne le cessez-le-feu et quelques semaines plus tard, une conférence de paix est organisée pour mettre officiellement un terme à la pire guerre que le Quadrant Alpha ait connu.
Odo décide alors de retourner vers les siens et de fusionner définitivement avec le Grand Lien afin de soigner ses semblables et de leur faire partager la confiance qu'il a dans les humanoïdes en espérant qu'il parviendra à influer sur la mentalité de ses semblables (cf. épisode "What You Leave Behind").

source : http://uss-france.strangewc.com/accueil.htm