A mesure que de nouveaux soldats et de nouveaux administrateurs sont créés, les Fondateurs étendent leur mainmise sur leur secteur, baptisant leur empire "le Dominion". Ils font construire d'immenses flottes de vaisseaux de guerre pilotés par les Jem'Hadar et dirigés par les Vortas. Fidèles à: leur doctirne "conquérir pour ne pas être conquis", les troupes des Fondateurs attaquent et occupent un nombre toujours plus important de planètes, étendant sans cesse les frontières du Dominion. Mais les Fondateurs ne se contentent pas de laisser les Vortas et les Jem'Hadar étendre leur empire : ils envoient également une centaine de "bébés" métamorphes dans toutes les directions de l'espace afin que ces derniers servent de "sondes vivantes" (cf. épisode "The Search"). Ces bébés se laissent dériver dans l'espace jusqu'à rencontrer une planète et des formes de vie. Ils commencent alors leur apprentissage, s'intègrent aux natifs de ce monde et en apprennent le plus possible. Pour être sûrs que ces explorateurs reviennent se joindre ensuite au Grand Lien, les Fondateurs leur implantent une sorte de commandement : toute leur vie, ils auront l'envie de découvrir leurs origines et lorsqu'ils seront suffisamment proches de la nébuleuse d'Omarion, ils se sentiront irrésistiblement attirés vers elle (cf. épisode "The Search"). Une centaine de ces "explorateurs" sont ainsi envoyés régulièrement. L'un de ces bébés est envoyé vers l'an 2000 (calendrier Terrien) et il traverse le Vortex Bajoran qui relie les Quadrants Alpha et Gamma, puis il continue sa route et va se mêler à une race humanoïde. Vers 2100, il achève son intégration et prend le nom de Laas. Marié plusieurs fois à des humanoïdes, il est marqué par la grande tristesse de les voir mourir de vieillesse devant lui. De plus, en butte à l'hostilité des humanoïdes, il doit mener une vie d'errance (cf. épisode "Chimera"). Un autre de ces bébés est envoyé vers 2350, et il traverse lui aussi le Vortex vers 2355. Dérivant dans la ceinture de Dénorios, il est découvert par des scientifiques Cardassiens en 2357, qui le confient au docteur Mora Pol, un Bajoran. Ce dernier aide le métamorphe à apprendre à changer de forme. Cet apprentissage dure 5 ans et le jeune métamorphe prend finalement le nom de Odo (cf. épisode "The Alternate"). En 2363, Odo quitte le docteur Mora Pol en assez mauvais termes et il se rend sur la station minière Cardassienne Terok Nor. Ayant rencontré le Préfet de Bajor, Gul Dukat, il accepte dentrer dans le service de sécurité de la station sous les ordres du Cadassien Thrax (cf. épisode "Things Past"). Lors du départ de Thrax, en 2365, il devient le chef de la sécurité de Terok Nor et lorsque les Cardassiens abandonnent celle-ci, en 2369, il conserve son poste et décide de rester avec les Bajorans (cf. épisode "Emissary"). Tout au long de ces années, Odo cherche à savoir qui il est et d'où il vient. Les recherches dans la ceinture de Denorios ne donnant rien, il sent pourtant confusément que cet emplacement a de l'importance. En 2369, il obtient un premier élément de réponse lorsqu'un contrebandier du nom de Croden lui remet une clef qui semble faite de la même matière que lui (cf. épisode "Vortex).
Pendant ce temps, le Dominion poursuit son expansion et continue à coloniser ou détruire des peuples tels que les T-Rogons et les Skrreas (cf. épisode "Sanctuary") ou encore les Yaderiens (cf. épisode "Shadowplay"). Sur certaines planètes qui tentent de se révolter, ils sèment la mort et abandonnent les populations à la merci d'armes bactériologiques terribles. Vers 2170, les Jem'Hadar introduisent ainsi une maladie, appelée simplement "le Fléau", qui accablera la population pendant 200 ans (cf. épisode "The Quickening"). En 2369, les Fondateurs apprennent l'ouverture permanente du Vortex Bajoran et ils envoient immédiatement des métamorphes pour juger la gravité de la situation. A la fin de l'année, ils connaissent l'existence des trois principales puissances du Quadrant Alpha : la Fédération, les Klingons et les Romuliens. Ne voulant pas se dévoiler, ils cachent leur existence et attendent de connaître les intentions des races du Quadrant Alpha. Mais à la fin de l'année 2370, les explorations de la Fédération rencontrent les limites du territoire du Dominion ... et les Jem'Hadar. Ce premier contact entraîne un combat entre les vaisseaux Jem'Hadar et l'USS Odyssey, qui est détruit avec ses 800 passagers. Le Dominion en profite également pour infiltrer un Vorta du nom d'Eris dans le Quadrant Alpha (cf. épisode "Jem'Hadar"). Quelques semaines plus tard, un vaisseau de la Fédération cherche et trouve la planète des Fondateurs, mais l'équipage est fait prisonnier. A leur insu, ils sont testés pour connaître leurs réactions en cas de guerre. A l'issue de ce test, les Fondateurs prennent la mesure de l'esprit combatif qui anime leurs fututrs ennemis. Parallèlement, Odo, attiré par la nébuleuse d'Omarion, découvre le Grand Lien et il apprend qu'il est un Fondateur. Il est horrifié des crimes que ces derniers ont commis au nom de leurs guerres préventives et même s'il se sent chez lui lorsqu'il fusionne dans le Grand Lien, il ne peut cautionner de tels actes et demande à repartir avec ses amis. Sur l'insistance de Odo, Sisko et les autres sont relâchés et Odo apprend alors qu'un Fondateur n'a jamais blessé ou tué un autre Fondateur (cf. épisode "The Search").
A la suite de cette rencontre, les Fondateurs commencent à élaborer un plan d'action pour conquérir le Quadrant Alpha. Dès le début de l'année 2371, des Fondateurs s'infiltrent dans les plus hautes sphères du pouvoir : au moins un Fondateur s'infiltre dans les services secrets Cardassiens, et un autre dans le Tal Shiar, sous les traits du colonel Lovok (cf. épisode "The Die is Cast"). A chaque fois, la méthode d'infiltration est la même : l'original est enlevé et soumis à un traitement spécial permettant au Fondateur d'acquérir le "vécu" du prisonnier, puis il est remplacé par le Fondateur désigné (cf. épisode "In Purgatory's Shadow"). Grâce à cette méthode, les Fondateurs apprennent le plan du Tal Shiar et de l'Ordre Obsidien d'attaquer la planète d'origine des Fondateurs. Ces derniers décident alors de tendre un piège aux Cardassiens et aux Romuliens : ils évacuent leur planète et rassemblent une puissante de flotte de vaisseaux Jem'Hadar. Vers la fin de l'année 2371, la flotte Romulano-Cardassienne rase la planète désertée mais se fait ensuite anéantir par les forces du Dominion (cf. épisode "The Die is Cast"). Après cette attaque, les Fondateurs sont plus que jamais décidés à vaincre le Quadrant Alpha. Après l'affaiblissement des Romuliens et des Cardassiens, ils décident de s'attaquer aux Klingons et à la Fédération. A la fin de l'année 2371, un Fondateur s'infiltre dans l'équipage de l'USS Defiant et essaie de détourner le vaisseau pour attaquer les Tzenkethi, afin de provoquer une guerre entre ce peuple et la Fédération. Le plan échoue et il se produit un événement qui semblait impensable : le Fondateur est tué par Odo, un autre Fondateur (cf. épisode "The Adversary"). Les métamorphes sont profondément choqués par cet acte ignominieux et ils mettent plus d'un an à convenir du châtiment à appliquer. Dans le courant de l'année 2372, quatre Fondateurs sont envoyés sur Terre pour tenter de déstabiliser la Fédération. Cela réussit plutôt bien, puisqu'au milieu de l'année, l'état d'urgence est instauré et la Terre manque de peu de sombrer dans la guerre civile (cf. épisode "Paradise Lost"). Parallèlement, les Fondateurs ont également infiltré des agents dans l'Empire Klingon. L'un d'eux a pris la place du général Martok, un proche conseiller du chancelier Gowron. Ce dernier souffle sur les braises du conflit entre les Klingons et la Fédération. Il encourage le Chancelier à mener une guerre sans merci qui affaiblit les deux puissances ennemies (cf. épisode "The Way of the Warrior"). A la fin de l'année 2372, les Fondateurs ont enfin décidé d'un châtiment à l'encontre de Odo. Par un mystérieux lien qui unit tous les Fondateurs, ils empêchent Odo de conserver sa forme solide, obligeant ce dernier à revenir à eux. Mais cette fois, les Fondateurs ont pris leurs précautions : lorsque l'USS Defiant entre dans le Quadrant, il est immédiatement pris en charge par une Fondatrice et des Jem'Hadar qui coupent les senseurs pour conserver secrète la position de leur nouvelle planète. La punition est appliquée et Odo perd son statut de métamorphe. Dans le même temps, les Fondateurs lui implantent une fausse information : le chancelier Gowron aurait été remplacé par un Fondateur (cf. épisode "Broken Link"). Les Fondateurs espèrent ainsi provoquer la réaction de la Fédération et provoquer une guerre définitive entre la Fédération et les Klingons.
Le piège n'est pas loin de fonctionner lorsqu'au début de l'année 2373, Sisko, Odo et O'Brien tentent de démasquer Gowron. Mais cette fois encore, c'est Odo qui sauve la situation en exposant la trahison : le Fondateur n'est pas Gowron, mais Martok. Furieux, les Klingons tirent et tuent le Fondateur qui avait remplacé Martok (cf. épisode "Apocalypse Rising"). Si ce plan est un échec, le second est une réussite : au début de l'anné 2373, un Fondateur remplace le docteur Bashir sur Deep Space Nine. Pendant ce temps, les Fondateurs infiltrés chez les Cardassiens parviennent à convaincre les dignitaires, et notamment Gul Dukat, que pour redevenir forte, Cardassia doit s'allier au Dominion. Gul Dukat accepte et attend avec calme l'arrivée des forces du Dominion dans le Quadrant Alpha. Dans le courant de l'année, le Dominion masse une importante flotte de vaisseaux dans une nébuleuse proche de l'entrée du Vortex et au milieu de l'année 2373, la flotte traverse le Trou de Ver et se dirige vers Cardassia, son nouvel allié. Escorté par Gul Dukat, le vaisseau de la Fondatrice chargée du Quadrant Alpha arrive peu de temps après sur Cardassia (cf. épisode "In Purgatory's Shadow"). Immédiatement après, le flotte du Dominion, renforcée par les vaisseaux Cardassiens, se dirige vers Deep Space Nine pour combattre des vaisseaux rassemblés de la Fédération, des Klingons et des Romuliens. Pourtant, cette attaque n'est qu'un leurre. Le Fondateur qui a pris la place du docteur Bashir reçoit l'ordre de faire exploser une bombe au trilithium qui anéantira Bajor, son soleil et la flotte ennemie. Une fois encore, le plan échoue, et le Dominion se replie dans l'espace Cardassien, se préparant à une guerre plus longue et difficile (cf. épisode "By Inferno's Light"). Dans les mois qui suivent, de nombreux vaisseaux traversent le Vortex pour aller renforcer le Dominion et la Fédération commence à s'en inquiéter sérieusement. Dans un acte qui sonne comme une déclaration de guerre, le capitaine Sisko ordonne de miner l'entrée du Vortex. Immédiatement, le Dominion et les Cardassiens attaquent Deep Space Nine, qui est abandonnée, pendant qu'une flotte de la Fédération attaque et détruit des chantiers spatiaux dans l'espace Cardassien. Quant aux Romuliens, voyant la guerre approcher, ils ont préféré signer un pacte de non agression avec le Dominion. Les Bajorans, sur les conseils de Sisko, ont fait de même (cf. épisode "Call to Arms").