Les origines du Dominion ne sont pas clairement connues. Il y a quelques millions d'années, une forme de vie liquide a évolué vers un stade intelligent en créant une sorte de conscience commune appelée le Grand Lien, au sein de laquelle tous les individus étaient fondus tant au niveau intellectuel que corporel. Vu de l'extérieur, l'immensité formée par ces individus ressemble à une mer dorée de consistence sirupeuse (cf. épisode "The Search"). La planète d'origine de cette étrange race est située dans le Quadrant Gamma. Au cours des millénaire, cette intelligence de groupe évolue peu à peu vers une forme de vie plus complexe : les différentes individualités commencent à manipuler cette masse de matière visqueuse pour lui donner la forme de solides géométriques simples, puis plus complexes. Maîtrisant de mieux en mieux la matière qui les compose, les individus commencent ensuite à imiter des animaux. Le temps passant, ces métamorphes perfectionnent leurs capacités de mimétisme jusqu'à copier les êtres inelligents. De cette évolution, il restera l'éducation donné aux nouveaux métamorphes, dont le cycle d'apprentissage retrace les étapes de cette évolution (objets simples, complexes, êtres vivants, ...) (cf. épisode "The Search"). En même temps que leurs capacités physiques évoluent, leur intelligence augmente rapidement. Les informations et les expériences de chacun étant fusionnées avec tous les autres, la transmission du savoir est immédiate et universelle, ce qui accélère le niveau de connaissance de tous les métamorphes. De la fusion de toutes les pensées et des sentiments entre les métamorphes découle une règle primordiale, qui est la base de la civilisation de ces êtres : "aucun métamorphe ne peut ni ne doit en blesser ou en tuer un autre" (cf. épisode "The Search"). Les sanctions, en cas de transgression de cette règle, ne sont alors pas encore décidées, puisque cette loi n'est jamais violée avant l'année terrestre 2373 (cf. épisode "The Adversary"). On ne connaît pas la durée de vie des métamorphes, mais il est probable que ces derniers soient immortels lorsqu'ils sont au seil du Grand Lien. En revanche, lorsqu'il assume une forme "solide", un métamorphe peut mourir : son "corps" se transforme alors en une poudre noire ressemblant à de la cendre (cf. épisode "The Adversary").
Il y a quelques dizaines de milliers d'années, les métamorphes commencent à quitter leur planète et à explorer l'univers. Ils se rendent sur différentes planètes et se mêlent aux habitants pour s'imprégner de leur culture, puis ils reviennent partager toutes leurs connaissances et leurs sensations au sein du Grand Lien. Mais rapidement leur capacité à prendre n'importe quelle forme inquiète les autres espèces et cette méfiance se transforme en hostilité puis en violence. Sur différents mondes, les métamorphes sont pourchassés et tués (cf. épisode "The Search"). En effet, si leur imitation des êtres est parfaite, les métamorphes conservent un point faible : s'ils se coupent ou qu'une quelconque partie d'eux se "détache", elle reprend immédiatement sa forme liquide (cf. épisode "Homefront"). Pendant des décennies, les métamorphes sont en butte à la xénophobie des autres peuples et ils sont pourchassés et tués. Finalement, la planète d'origine des métamorphes est attaquée et détruite par une coalition d'ennemis xénophobes (cf. épisode "The Search"). Peu de métamorphes en réchappent et cet incident reste profondément ancré dans la mémoire collective de ce peuple. Les rescapés arrivent sur une nouvelle planète dans la nébuleuse d'Omarion pour reformer le Grand Lien et il est décidé qu'un tel incident ne doit pas se reproduire et pour cela, les métamorphes savent qu'ils doivent prendre une forme solide et se développer technologiquement (cf. épisode "The Search"). A force d'efforts, les métamorphes parviennent à conserver une forme solide de plus en plus longtemps mais doivent obligatoirement retourner à l'état liquide toutes les 16 heures (cf. épisode "The Forsaken"). Au-delà de ce délai, ils endurent une souffrance de plus en plus grande et ils semblent se dessécher (cf. épisode "The Die is Cast"). En quelques millénaires, les métamorphes parviennent à un haut niveau technologique et ils décident que le meilleur moyen de ne plus être victimes d'attaques, c'est de mener des guerres préventives. Les métamorphes se lancent alors dans un ambitieux programme de recherche génétique visant à créer deux nouvelles races qui leur seront totalement dévouées : une race de guerriers et une race d'administrateurs. Ces deux races sont créées en manipulant génétiquement des animaux natifs de la planèt où se sont installés les métamorphes.

Les Vortas
Les administrateurs sont créés les premiers pour qu'ils puissent aider ensuite les métamorphes à poursuivre leurs plans. Pour créer cette race, les métamorphes manipulent une race de primates et la font avancer rapidement sur l'échelle de l'évolution pour qu'elle devienne intelligente. Après plusieurs décennies d'efforts, la nouvelle race voit le jour et les individus sont appelés "Vortas". Pour s'assurer de leur loyauté, les métamorphes ont prévu plusieurs "sécurités". La première, et la plus importante, est d'avoir codé dans leurs gènes un respect absolu des métamorphes. Aux yeux des Vortas, les métamorphes sont des dieux contre lesquels il est totalement impensable non seulement de lever la main, mais aussi de dire du mal (cf. épisode "Treachery, Faith and the Great River"). La dévotion des Vortas est absolue et ils sont prêts à donner leur vie sans hésiter une seconde (cf. épisode "What You Leave Behind"). La seconde sécurité est assurée par le fait que les Vortas ne peuvent pas se reproduire : ils ne peuvent être que clonés dans des centres contrôlés par les métamorphes, qui se font appeler "Fondateurs" par les Vortas (cf. épisode "Treachery, Faith and the Great River"). Enfin, la dernière sécurité est assurée par le fait qu'un Vorta ne possède qu'une faible force physique qui ne peut pas mettre un Fondateur en danger (cf. épisode "The Jem'Hadar"). Les Fondateurs confient aux Vortas la tâche d'administrer la planète sur laquelle ils vivent et celle de les aider à créer la seconde race qui leur permettra d'asseoir leur domination sur tout leur secteur du Quadrant Gamma. Enfin, les Fondateurs confient également les rôles de dilomates et de négociateurs aux Vortas, les laissant entrer et contact et négocier avec les autres races, afin de garder l'anonymat.

Les Jem'Hadar
La seconde race est appelée Jem'Hadar et elle est créée à partir d'une race reptilienne. Tout comme les Vortas, les Jem'Hadar ne peuvent pas se reproduire (il n'y a d'ailleurs pas de femelles), mais ils sont directement clonés. Les Fondateurs les dotent d'une force physique impressionnante et d'une constitution digne de celle des Klingons (cf. épisode "The Jem'Hadar"). Leur agressivité est également particulièrement développée et pour eux, les combat est non seulement important, mais il est même vital. Pour une efficacité maximale, les Jem'Hadar sont conçus pour parvenir rapidement à l'âge adulte. En quelques jours seulement, un bébé devient enfant, puis adolescent et enfin adulte (cf. épisode "The Abandonned"). De tels guerriers sont redoutables et pourraient se révéler mortels s'ils se retournaient contre les Fondateurs; mais ces derniers ont pris une précaution essentielle pour s'assurer de la loyauté de leurs soldats. Dans leur code génétique, les Fondateurs introduisent un "défaut" : l'organisme des soldats ne code pas la fabrication d'une protéine essentielle à leur survie (cf. épisode "Hippocratic Oath"). Pour vivre, les Jem'Hadar doivent absorber une drogue qui contient cette protéine, et qui est appelée "Blanc de Ketricel". Afin d'appuyer encore le sens sacré de cette substance, les Fondateurs instaurent une sorte de rituel au cours duquel le Vorta fournit le Blanc de Ketricel aux Jem'Hadar (cf. épisode "The Ship"). Finalement, pour être totalement sûrs de ne pas se retrouver face à un front formé des Jem'Hadar et des Vortas réunis, les Fondateurs sont les seuls à connaître la formule du Blanc de Ketricel : les Vortas ne sont chargés que de la production et de la distribution. Malgré toutes ces précuations, différents incidents ont déjà eu lieu : en 2375, un accident génétique crée un Vorta de la lignée des Weyouns qui trahit les Fondateurs en livrant des renseignements confidentiels à la Fédération (cf. épisode "Treachery, Faith and the Great River"). En 2372, également à la suite d'une déviance génétique, un groupe de Jem'Hadar se rebelle et tue son Vorta avant d'essayer de découvrir d'anciennes armes Iconiennes pouvant détruire les Fondateurs (cf. épisode "To the Death"). Malgré tout, ces incidents sont rares et restent marginaux.