En 2369, une découverte majeure modifie complètement le rôle et l'importance de Bajor : le commandant Sisko, qui cherche à percer le mystère des Orbes, découvre le Temple Céleste et constate, par la même occasion qu'il s'agit d'un Trou de Ver permettant de relier le Quadrant Alpha au Quadrant Gamma. Cette découverte fait de Bajor un centre stratégique de tout le Quadrant et les Cardassiens regrettent amèrement de l'avoir abandonné (cf. épisode "Emissary"). Un peu plus tard dans l'année, un terroriste Bajoran du nom Tahna Los tente de détruire le Vortex pour que Bajor n'attise plus les convoitises. L'attentat échoue mais montre que Bajor n'est pas encore en paix (cf. épisode "Past Prologue"). Cette instabilité est encore accrue lorsque Kai Opaka meurt, victime d'un accident alors qu'elle visite le Quadrant Gamma (cf. épisode "Battle Lines"). La mort de la plus haute autorité religieuse déstabilise un peu plus un gouvernement provisoire déjà peu stable. Effectivement, à la fin de l'année 2369, un groupe xénophobe et conservateur appelé "Alliance pour l'Unité Globale" veut chasser la Fédération de Deep Space Nine et renverser le gouvernement provisoire. En peu de temps, la situation se dégrade et après une tentative d'assassinat sur Vedek Bareil et une attaque sur un membre du gouvernement, l'état d'urgence est décrété (cf. épisode "In the Hands of the Prophets"). Le major Kira espère que la réapparition du légendaire Li Nalas parviendra à empêcher la guerre civile, mais l'Alliance, également appelée "le Cercle" lance une attaque sur Deep Space Nine. En accord avec la Prime Directive, Starfleet évacue ses ressortissants, mais en secret, le commandant Sisko continue son enquête. Il est finalement prouvé que le Cercle est en fait soutenu par les Cardassiens, ce qui enlève immédiatement toute crédibilité au mouvement (cf. épisode "The Siege"). Le gouvernement provisoire retrouve sa place, mais au début de l'année 2370, un étrange événement survient : les Skrreeas, en provenance du Quadrant Gamma, indiquent que Bajor est la planète qui leur est promise par leurs prophéties. Le gouvernement Bajoran refuse leur installation, même dans des régions inhabitées et c'est la Fédération qui doit les relocaliser (cf. épisode "Sanctuary"). A la fin de l'année 2370, est lancée la campagne pour l'élection d'un nouveau Kai, en remplacement d'Opaka. Deux Vedeks entrent en compétition pour obtenir le poste de Kai : Winn, conservatrice et manipulatrice et Bareil, spirituel et libéral, qui se réclame du même courant de pensée que Kai Opaka. Finalement, c'est Winn qui est élue, après avoir déterré les événements de la vallée de Kendra, en 2367, qui semblent condamner Vedek Bareil. Winn, qui était déjà à l'origine des actions du Cercle, devient Kai (cf. épisode "The Collaborator"). Parallèlement, beaucoup de Bajorans, désireux de se venger des 40 ans d'occupation Cardassienne, s'engagent dans le Maquis, un groupe d'officiers de Starfleet rebelles qui se battent contre les Cardassiens dans la Zone Démilitarisée à la frontière entre l'espace de la Fédération et de l'Union Cardassienne (cf. épisode "Preemptive Strike").
En 2371, les Bajorans et la Fédération découvrent le danger que représente le Dominion, un force gigantesque et hostile qui se trouve de l'autre côté du Vortex (cf. épisode "The Search"). Parallèlement, Kai Winn et Vedek Bareil mènent de discrètes négociations avec les Cardassiens pour parvenir à un véritable traité de paix entre les deux peuples. Grièvement blessé, Vedek Bareil parvient à mener les négociations jusqu'au bout avant de mourir. Bajor et Cardassia sont enfin en paix (cf. épisode "Life Support"). Au milieu de l'année, une équipe de trois scientifiques Cardassiens se rendent sur Deep Space Nine, ce qui provoque un tollé parmi les Bajorans qui estiment que la venue des trois Cardassiens suit une prophétie qui annonce la destruction du Temple Céleste. Cette crainte est fondée, puisqu'un agent de l'Ordre Obsidien fait partie des scientifiques et qu'il tente de détruire le Vortex (cf. épisode "Destiny"). Vers la fin de l'année 2371, un voyage du commandant Sisko sur un ancien voilier solaire Bajoran prouve que certains explorateurs Bajorans ont pu arriver jusqu'à Cardassia (cf. épisode "Explorers"). A la fin de l'année 2371, le chef du gouvernement provisoire Bajoran meurt et Kai Winn le remplace temporairement. Profitant de l'occasion, elle manoeuvre pour faire arrêter Shakaar, l'ancien chef d'un important groupe de résistants. Aidé par le major Kira, Shakaar parvient à s'enfuir et Kai Winn, qui brigue le poste de chef du gouvernement, les fait poursuivre. Kira et Shakaar arrivent à un compromis avec leurs poursuivants et Shakaar se présente finalement au poste de chef de gouvernement. Grâce à sa renommée, il est élu, empêchant Winn de cumuler les postes de chef du gouvernement et de Kai (cf. épisode "Shakaar").
L'année 2372 s'ouvre sur le début de la guerre qui oppose la Fédération aux Klingons (cf. épisode "The Way of th Warrior"). Ne faisant pas partie de la Fédération, les Bajorans ne prennent qu'indirectement part au conflit (lors de l'attaque de la station Deep Space Nine). Un peu plus tard dans l'année, le nouveau Premier Ministre Shakaar se rend sur Deep Space Nine afin d'y négocier l'entrée de Bajor dans la Fédération, mais sur place, il échappe de peu à une tentative d'assassinat perpétré par des terroristes Cardassiens (cf. épisode "Crossfire"). Un peu plus tard dans l'année, le poète Akorem Laan, disparu depuis 200 ans, émerge du Vortex avec son voilier. Arrivé sur Deep Space Nine, il se considère comme l'Emissaire et commence à rétablir le système de caste, autorisant le meurtre de ceux qui n'obéissent pas. Sisko repart avec lui dans le Vortex où les Prophètes confirment Sisko dans son rôle d'Emissaire et gardent Akorem dans le Temple Céleste. A partir de ce moment, Sisko, qui avait toujours été réticent à assumer son rôle d'Emissaire, l'assume pleinement (cf. épisode "Accession").
En 2373, les Cardassiens rendent une nouvelle Orbe aux Bajorans : l'Orbe du Temps (cf. épisode "Trials and Tribble-ations"). Plus tard dans l'année, Sisko est assailli de visions qui lui permettent de découvrir l'emplacement de la cité perdue de B'hala. Mais ces visions continuent et bien que souffrant terriblement, Sisko entrevoit un futur catastrophique pour Bajor si celle-ci entre dans la Fédération. Or, la Fédération a enfin accepté la candidature de Bajor. Sous le regard incrédule et furieux de l'amiral Whatley, Sisko, rendu à moitié fou par les visions, prédit un avenir funeste à Bajor si la planète intègre la Fédération. Impressionnés par le comportement de l'Emissaire, les Bajorans retirent leur candidature et décident de rester indépendants (cf. épisode "Rapture"). Au milieu de l'année 2373, le Dominion envahit le Quadrant Alpha et s'associe avec Cardassia (cf. épisode "By Inferno's Light"). Cette situation fait craindre le pire aux Bajorans qui seraient écrasés par cette alliance. Kai Winn propose de signer un pacte de non agression avec la nouvelle alliance, ce qui est possible du fait que Bajor a rejeté son appartenance à la Fédération. Sisko lui-même conseille au gouvernement de signer ce pacte et à la fin de l'année 2373, la Fédération évacue la station Deep Space Nine, qui repasse sous occupation Cardassienne et reprend le nom de Terok Nor (cf. épisode "Call to Arms"). Dans le même temps, les Cardassiens n'occupent pas Bajor, mais ils surveillent de près la planète.
On est en 2374 et cette fois, la guerre est ouvertement déclarée entre le Dominion et la Fédération et les batailles se succèdent. La Fédération perd du terrain et sous l'impulsion de Sisko, Starfleet accepte de mener une grande bataille pour reprendre le contrôle de Bajor et Terok Nor. Au milieu de l'année, une bataille décisive s'engage et, avec l'aide des Prophètes, l'Alliance est vaincue (cf. épisode "The Sacrifice of Angels"). Deep Space Nine et Bajor retrouvent leur liberté, mais la menace de la guerre plane toujours. Paradoxalement, pour Bajor, le danger survient là où on ne l'attendait pas. Depuis la découverte de l'ancienne cité de B'hala, les archéologues Bajorans vont de découverte en découverte. Ils découvrent finalement une tablette vieille de 30000 ans qui contient en réalité l'esprit d'un Pagh Wraith. D'innombrables catastrophes naturelles surviennent alors sur Bajor et Kai Winn accuse l'Emissaire d'avoir contrarié les Prophètes. Une fois la tablette brisée, le Pagh Wraith et un Prophète prennent respectivement possession des corps de Jake et de Kira pour se livrer à un duel sans merci. Malheureusement, l'intervention de Kai Winn empêche le combat de se terminer et les deux entités s'enfuient (cf. épisode "Reckoning"). Pour les Bajorans, cela est grave : un Pagh Wraith est en liberté. Cette crainte est malheureusement fondée : prenant possession du corps de Gul Dukat, un Pagh Wraith se rend sur Deep Space Nine à la fin de l'années 2374 et, accédant à l'Orbe du Souvenir il la détruit, ainsi que toutes les autres Orbes. Abattu, l'Emissaire quitte Deep Space Nine (cf. épisode "Tears of the Prophets").
On est en 2375 et pour les Bajorans, les trois premiers mois de l'année sont parmi les plus sombres de leur histoire : les Orbes sont mortes et le Temple Céleste s'est refermé à jamais. De plus, le major Kira doit faire face aux nouveaux "alliés" de la Fédération et des Klingons : les Romuliens. Ces derniers installent en effet des bases secrètes sur une lune de Bajor et Kira est obligée de former un blocus avec des vaisseaux vétustes. Les tensions se calment finalement lorsque les Romuliens retirent leurs installations militaires (cf. épisode "Image in the Sand"). Sur Terre, l'Emissaire ne s'avoue pas vaincu et il part à la recherche de la mystérieuse neuvième Orbe : l'Orbe de l'Emissaire. Sisko la trouve finalement sur la planète Tyree et découvre par la même occasion que sa mère naturelle est en réalité un Prophète qui s'était incarné (cf. épisode "Shadows and Symbols"). L'Orbe de l'Emissaire rend la vie aux huit autres Orbes et le Temple Céleste (le Vortex) s'ouvre à nouveau. Pourtant, le danger n'a jamais été aussi présent. Toujours habité par un Pagh Wraith, Gul Dukat tente de libérer tous les autres Pagh Wraiths pour les lâcher sur le Quadrant. Il commence par créer une communauté de fidèles sur la station Cardassienne Empok Nor pour attirer les esprits maudits en organisant un suicide collectif (cf. épisode "Covenant"). Mais ce plan échoue et Dukat, qui modifie son apparence pour ressembler à un Bajoran, part à la recherche du Kosst Amojan un livre ancien d'incantations qui permettront de libérer les Pagh Wraiths. Utilisant l'ambition démesurée de Kai Winn, il manipule cette dernière pour qu'elle l'aide. Ensemble, ils déchiffrent le livre sacré (cf. épisode "The Changing Face of Evil") et se rendent dans les Cavernes de Feu, sur Bajor, pour libérer les esprits maudits. Au moment où Dukat prononce les incantations libératrices, les Prophètes préviennent Sisko, qui se rend sur place et combat Dukat. Kai Winn est tuée par Dukat et Sisko parvient à tuer Dukat et à détruire le Kosst Amojan avant que les Pagh Wraiths aient été libérés. Sisko, l'Emissaire, disparaît alors pour aller rejoindre le plan d'existence des Prophètes (cf. épisode "What You Leave Behind").
En 2376, avec la destruction des Pagh Wraiths et la victoire contre le Dominion, Bajor entre enfin dans une période de prospérité appelée "Age de la Restauration", promis par les anciens textes sacrés (cf. épisode "Strange Bedfellows").

source : http://uss-france.strangewc.com/accueil.htm