Les Cardassiens sont originaire du système de Cardassia, dont la planète principale est Cardassia Prime. Cette planète, très chaude et sèche possède un climat aride qui a particulièrement favorisé les espèces reptiliennes n'ayant pas besoin de beaucoup d'eau. Les habitants de Cardassia Prime sont humanoïdes, mais ils ont évolué depuis une forme de vie reptilienne, dont il gardent encore de nombreux traits (cartilage osseux apparent, peau beige, etc..). Vers -80000, les Cardassiens étaient une civilisation éclairée et pacifique qui était arrivée à un stade de développement artistique et technologique avancé. Cette prospérité entraîna un accroissement naturel de la population qui ne tarda pas s'installer sur l'ensemble de la surface de ce monde, dans les millénaires qui suivirent. Cet accroissement était progressif et était accompagné d'un progrès technologique qui permettait de gérer au mieux les ressources naturelles de la planète. Vers 1450 (selon le calendrier Terrien), les Cardassiens reçurent la visite des Bajorans, une autre espèce humanoïde habitant à quelques années-lumière de Cardassia. Les explorateurs furent chaleureusement accueillis et les deux peuples établirent des liens pacifiques (cf. épisode "Explorers"). Malheureusement, Cardassia était une planète aride et pauvre en ressources naturelles. Au cours des milliers d'années de son développement les Cardassiens étaient parvenus à maintenir un équilibre précaire entre les ressources disponibles et les besoins de la population. Mais vers 1500, plusieurs catastrophes climatiques vinrent rompre cet équilibre et la population eut à souffrir de plusieurs famines (cf. épisode "Chain of Command"). Au bout d'une décennie, la population était décimée et commença à se révolter. Tout d'abord réprimées, ces révoltes finirent par gagner le pouvoir militaire et vers l'an 1600, les militaires prirent le pouvoir, renversant le gouvernement planétaire (cf. épisode "The Wounded").
Mettant en avant le besoin de nourrir la population, les militaires détruirent tout ce qui était jugé inutile (notemment tous les sites archéologiques) au profit de constructions nécessaires à la survie de la population. La population survécut effectivement, mais elle perdit toute vocation artistique et culturelle, puis, au bout de quelques siècles, elle perdit également sa liberté. Vers 1800, l'autorité militaire était devenue permanente et avait instauré une dictature. C'était le début de l'Union Cardassienne. Le gouvernement militaire avait deux priorités : découvrir de nouvelles ressources et maintenir la population sous contrôle. Le gouvernement répartit le travail entre deux entités distinctes : l'armée et les services secrets. Appelé Ordre Obsidien (ou Ordre de l'Obsidienne), les services secrets sont chargés des activités d'espionnage, de surveillance et de sécurité du territoire Cardassien. Possédant de grands moyens, cette organisation n'a qu'une seule limite : l'interdiction de posséder des armes lourdes et, plus tard, des vaisseaux (cf. épisode "Defiant")). L'autre entité est l'armée, qui, elle, possède toutes les armes dont elle a besoin mais est aux ordres exclusifs du gouvernement militaire. A partir de 1800, il devient évident que les faibles ressources de la planète ne sont pas suffisantes pour nourrir les Cardassiens. L'armée et l'Ordre Obsidien sont chargés de mettre toutes leur ressources en commun pour développer et construire une flotte de vaisseaux de guerre et de colonisation pour chercher des planètes exploitables. En peu de temps, toutes les ressources matérielles sont rassemblées dans le seul but de construire une flotte importante. Dès 1900, les premiers vaisseaux quittent le système solaire Cardassien et bien que les pertes soient importantes, les premièes colonisations interviennent dès l'année 2000. Au cours des 300 années qui suivent la colonisation suit son cours, ce qui n'empêche pas la population civile Cardassienne de vivre toujours dans une situation précaire.
Vers 2300, la frontière de l'Union Cardassienne atteint le système de Bajor. Or, à cette époque, Bajor vit une situation difficile et Cardassia y voit une opportunité d'annexer un monde riche sans avoir à le conquérir. En 2309, le gouvernement Cardassien propose donc son aide aux Bajorans et s'y implante peu à peu. De 2310 à 2328, la présence Cardassienne se fait de plus en plus sentir, puis devient étouffante. En 2328, les Cardassiens annèxent officiellement Bajor et remplacent le gouvernement local par une préfecture militaire, ouvrant la période de l'"Occupation" qui durera jusqu'en 2369 (cf. épisode "Emissary"). En 2346, le préfet de Bajor nommé par les Cardassiens est Gul Dukat. Parallèlement, les Cardassiens continuent leur expansion et vers 2345, ils arrivent aux frontières de l'espace de la Fédération. En 2348, les Cardassiens attaquent la colonie de Setlik III : la Fédération envoie l'USS Rutledge, qui se bat vaillamment, mais ne peut empêcher le massacre de centaines de colons de la Fédération. Cette agression marque le début de la "Guerre des Frontières", qui oppose la Fédération à l'Union Cardassienne de 2350 à 2366 (cf. épisode "The Wounded"). Pendant ces 16 années de guerre, de nombreuses tentatives de médiations sont entreprises, mais aucune n'aboutit. A partir de 2340, les Cardassiens doivent faire face à de nombreuses cellules de résistance Bajoranes qui s'organisent et préparent de nombreux attentats. Pour écraser cette rébellion, les Cardassiens construisent des camps de travaux forcés et ils renforcent leur domination sur Bajor. Les terroristes et ceux qui les aident sont envoyés dans ces camps dont le plus dur est sans conteste celui de Gallitep, commandé par un homme violent du nom de Gul Darhe'el (cf. épisode "Duet"). En 2351, les Cardassiens utilisent des prisonniers Bajorans comme esclaves pour construire une immense station spatiale destinée à l'extraction minière. Baptisée Terok Nor par les Cardassiens, elle emploie des prisonniers Bajorans et elle est dirigée par l'ancien préfet de Bajor, Gul Dukat, qui nomme un Cardassien du nom de Thrax, comme chef de la sécurité (cf. épisode "Things Past"). Mais plus les conditions de vie deviennent difficiles sur Bajor, plus les Bajorans se rebellent. En 2357, la cellule de Résistants de Shakaar libère le camp de travail de Gallitep, faisant prisonnier Gul Darhe'el (cf. épisode "Duet"). En 2360, Gul Dukat subit un nouveau revers : un groupe de Bajorans parvient à dérober des chasseurs Cardassiens et à les cacher sur Lunar V (cf. épisode "The Siege"). Puis, en 2362 un attentat Bajoran tue la femme de Kotan Pa'Dar, un dignitaire Cardassien résidant sur Bajor (cf. épisode "Cardassians"). Pendant ce temps, la guerre contre la Fédération piétine et l'Ordre Obsidien essaie de placer des agents maquillés chirurgicalement dans le territoire de la Fédération. Ainsi, en 2362, un agent Cardassien remplace Raymond Boone et va s'installer sur la colonie de Volan III, en attendant d'être "utile" (cf. épisode "Tribunal"). En 2363, alors qu'il est toujours aux mains des résistants Bajorans, Gul Darhe'el meurt. Son corps est rendu aux Cardassiens qui lui organisent un enterrement en grande pompe (cf. épisode "Duet")
En 2365, des négociations secrètes sont entamées entre l'amiral Hikaru Sulu et les Cardassiens pour l'établissement d'un cessez-le-feu et la préparation d'un traité de paix avec la Fédération (cf. épisode "Tattoo"). Parmi les termes de l'accord, le statut de Bajor occupe une place importante. Devinant que la fin du conflit est proche et qu'il va devoir abandonner Cardassia, Gul Dukat met sa maîtresse Bajorane Tora Naprem et sa fille illégitime Tora Ziyal à l'abri dans le vaisseau de transport Ravinok qui disparaît mystérieusement (cf. épisode "Indiscretion"). Quelques mois plus tard, en 2366, les Cardassiens et la Fédération signent un traité de paix (cf. épisode "The Wounded"). Pourtant, si la guerre est officiellement terminée, chaque partie essaie encore de gagner un peu de territoire dans le temps du retour au calme. En 2367, les Cardassiens, sous la direction de Gul Macet, font transiter de nombreux convois d'armes en les faisant passer pour des marchandises (cf. épisode "The Wounded"). Ces manoeuvres sont repérées par le capitaine Maxwell de l'USS Phoenix, qui s'attaque à ces convois, au risque de rompre le fragile traité de paix (cf. épisode "The Wounded"). En 2368, l'armée et les services secrets Cardassiens mènent une attaque violente contre la colonie de Solarion IV et essaient de faire retomber la faute sur les résistants Bajorans de la cellule de Orta. Les Cardassiens espèrent ainsi que la Fédération renoncera à Bajor. Mais une enquête poussée du capitaine Picard et de son équipage révèle rapidement que les véritables attaquants sont les Cardassiens (cf. épisode "Ensign Ro"). Sur Bajor, les Cardassiens, qui savent que la planète risque d'être cédée, accentuent leur pression et leur chasse aux résistants. En 2367, les militaires apprennent qu'un groupe de 43 résistants se cache dans la vallée de Kendra. Ils menacent de raser tous les villages de la vallée si les résistants ne sont pas livrés (cf. épisode "The Collaborator"). Parallèlement, l'Ordre Obsidien place Elim Garak, l'un de ses agents qui était en disgrâce, sur la station Terok Nor, faisant croire que le Cardassien a été exilé pour trahison (cf. épisode "Profit and Loss"). En 2369, l'Ordre Obsidien met également en place un piège destiné à capturer le capitaine Picard en l'attirant sur Celtris III, en faisant croire qu'il existe sur place une réserve d'armes métagéniques. Le capitaine Picard est effectivement capturé par Gul Macet et il est torturé pour lui faire révéler les plans de défense de la planète stratégique de la Fédération, Minos Korva. Pendant ce temps, les militaires cachent une flotte d'invasion dans la nébuleuse de McAllister. Les vaisseaux sont repérés à temps et entourés de mines. Le plan d'invasion échoue et Gul Macet, désavoué par ses supérieurs, doit relâcher le capitaine Picard (cf. épisode "Chain of Command"). Cette tentative de renverser la situation est la dernière et en 2369 les Cardassiens mettent en application le traité de paix de 2366, abandonnant Bajor et Terok Nor (qu'ils sabotent avant de partir), mais gagnant d'autres colonies (cf. épisode "Journey's End"). Pourtant ce traité de paix n'est pas accepté par tous et de part et d'autre, des opérations et des raids continuent dans les années qui suivent : certains officiers de Starfleet désertent avec leur vaisseau et leur équipage pour venir en aide aux populations des colonies située le long de la Zone Démilitarisée qui sépare la Fédération de l'Union Cardassienne. Ce groupe prend le nom de "Maquis" et il pose un sérieux problème aux Cardassiens car il attaque des convois ou effectue des raids sur des avant-postes (cf. épisode "The Maquis").
En 2369, les Cardassiens quittent Bajor et Terok Nor, non sans avoir au préalable endommagé les villes, empoisonné les sols et quasiment détruit la station spatiale. Le gouvernement provisoire Bajoran, qui craint une nouvelle invasion, fait appel à la Fédération pour administrer la station spatiale qui prend le nom de Deep Space 9 (cf. épisode "Emissary"). Mais à peine quelques semaines après leur départ, les Cardassiens regrettent déjà d'avoir cédé Bajor. En effet, quelques jours seulement après l'arrivé du nouveau commandant de Starfleet, un Vortex apparaît dans l'espace Bajoran. Les Cardassiens sont furieux : 40 années d'occupation de Bajor leur avaient fait soupçonner l'existence d'un tel phénomène qu'ils pensaient lié aux Orbes de Bajor. Pourtant, après avoir volé et étudié les Orbes pendant plusieurs décennies, ils n'avaient jamais rien découvert. Afin d'en réclamer la propriété, Gul Dukat dirige immédiatement son vaisseau dans le Vortex, qui se referme aussitôt après. La disparition du Vortex et du vaisseau de Gul Dukat offre un prétexte en or aux Cardassiens pour accuser les Bajorans d'avoir tendu un piège et pour attaquer et reprendre Terok Nor. Pourtant, lorsque le vaisseau de Gul Dukat réapparaît, les Cardassiens sont bien obligés de céder (cf. épisode "Emissary"). Mais ils n'ont pas dit leur dernier mot pour autant. Au début de l'année 2370, les Cardassiens passent un accord avec les Kressari, afin que ces derniers fournissent des armes à une organisation extrémiste Bajorane surnommée "le Cercle", qui refuse la tutelle de la Fédération. Les Cardassiens parviennent ainsi à amener Bajor au bord de la guerre civile, espérant ensuite annexer Bajor lorsque la Fédération aura été congédiée par le nouveau gouvernement. Malheureusement la plan échoue lorsque l'implication des Cardassiens est dévoilée par Odo, le chef de la sécurité de Deep Space 9 (cf. épisode "The Siege"). Un peu plus tard dans l'année, Gul Dukat se trouve confronté au problème des orphelins de guerre. Il s'agit de Cardassiens abandonnés par les leurs et adoptés par des Bajorans, et dont les Cardassiens sont persuadés qu'ils sont élevés dans la haine de ceux de leur race. Ainsi, le fils du notable Kodan Pa'Dar est retrouvé après avoir été caché sur Bajor par Gul Dukat, son ennemi politique (cf. épisode "Cardassians"). Si la dictature militaire n'a pas plu aux Bajorans, elle ne plaît pas non plus aux Cardassiens qui en ont assez des décennies de guerre. Les Cardassiens forment des groupes prêts à se soulever ou à fuir l'Union. En 2370, une scientifique Cardassienne du nom de Natima et deux de ses élèves tentent de fuir Cardassia. Poursuivis par Gul Toran , ils trouvent refuge sur Deep Space Nine où ils sont arrêtés par les Bajorans qui veulent les échanger contre des prisonniers de guerre Bajorans. Gul Toran arrive sur la station pour prendre en charge les trois prisonniers, mais il est abattu par Garak, qui se révèle enfin sous son vrai jour (cf. épisode "Profit end Loss"). Vers la fin de l'année, Gul Dukat prévient le commandant Sisko que de nombreux convois Cardassiens sont attaqués par des vaisseaux du Maquis et que cela pourrait rapidement mettre fin au traité de paix de 2366. Lorsque Sisko enquête, il découvre que le Maquis est dirigé par un ancien ami : Cal Hudson. Pour une fois, les Cardassiens et la Fédération unissent leurs forces et les attaques du Maquis sont stoppées, pour un temps (cf. épisode "The Maquis"). A la fin de l'année, les Cardassiens comme la Fédération découvrent qu'une large partie du Quadrant Gamma est dirigée par une puissance dangereuse : le Dominion (cf. épisode "Jem'Hadar").